Nach Auffassung der Wirtschaft besteht kein Anlass für eine CO²-Minderung bereits in der ersten Phase des Emissionshandels, weil von der im Kyoto-Protokoll vereinbarten Minderungsleistung von 21 % bereits 19 % erbracht seien. Nach einem Spitzengespräch im Kanzleramt scheint sich zumindest eine Annäherung der Standpunkte von Bundesumweltministerium und Wirtschaftsministerium abzuzeichnen. Unklar ist, inwieweit tatsächlich Zugeständnisse des Umweltministeriums zu erwarten sind. Das Umweltministerium wird in seiner harten Haltung unterstützt von dem Rat von Sachverständigen für Umweltfragen (SRU), der sich für eine Verringerung der Emissionsrechte bereits in der ersten Zuteilungsphase ausgesprochen hat.

Weitere Streitpunkte bilden die Regelungen für Ersatzinvestitionen und Neuanlagen. So wird der Ansatz des Umweltministeriums kritisiert, dass für Neuanlagen nicht der jeweils für den Brennstoff effiziente Abgasstandard vorgeschrieben werden soll, sondern derjenige für Gas- und Dampfkraftwerke. Die Wirtschaft fordert demgegenüber unter dem Begriff „Benchmarking“ brennstoffspezifische Vorgaben. Weitere Eckpunkte des vorliegenden Entwurfs sind die Berücksichtigung von Vorleistungen („early action“) in der ersten Zuteilungsperiode bei Überschreitung einer Bagatellschwelle von 10 %, die Herausnahme prozessbedingter Emissionen von dem Minderungsgebot bei Überschreitung derselben Bagatellschwelle sowie die Beschränkung des Ansparens von Emissionsberechtigungen („banking“) auf den jeweiligen Zuteilungszeitraum.