Mit der Aufstellung besagter Listen erfolgt die eigentliche Weichenstellung bei der Ausweisung von FFH-Gebieten. Flächen, die innerhalb eines FFH-Gebietes oder in dessen Nähe liegen, sind erheblichen Nutzungsbeschränkungen unterworfen. Grundstückseigentümer und Projektträger, aber auch Gemeinden bei der Bauleitplanung, hätten insofern ein erhebliches Interesse an einer gerichtlichen Überprüfung der Gebietslisten.

Bereits im Juli 2005 hatte das EuG in einem Eilverfahren jedoch Zweifel an der Zulässigkeit von Rechtsbehelfen gegen Gebietslisten geäußert. In den im Hauptsacheverfahren nunmehr ergangenen Entscheidungen bekräftigt das Gericht seine Einschätzung. Grundstückseigentümer können sich damit gegen die Aufnahme ihrer Grundstücke in FFH-Gebietslisten nicht gerichtlich zur Wehr setzen. Immerhin: Die deutschen Gerichte gehen in ersten vorliegenden Entscheidungen außerordentlich pragmatisch mit der in der FFH-Richtlinie vorgesehenen und in das deutsche Recht übernommenen Ausnahmeregelung um, die eine Beeinträchtigung von FFH-Gebieten unter bestimmten Voraussetzungen trotz des besonderen Schutzes ermöglicht. Bringt die bauliche Nutzung solcher Flächen somit auch einen erhöhten Verfahrensaufwand mit sich, ist sie doch nicht schlechthin ausgeschlossen.