Die Richtlinie verknüpft den Emissionshandel mit den beiden weiteren im Kyoto-Protokoll vorgesehenen flexiblen Mechanismen zur Reduzierung der globalen Treibhausgasemissionen. Es handelt sich hierbei zum einen um die gemeinsame Umsetzung von Klimaschutzmaßnahmen durch die Industrieländer durch Übertragung von Emissionsreduktionseinheiten aus Minderungsprojekten ("Joint Implementation", Artikel 6 des Kyoto-Protokolls), zum anderen um die Verwendung von Emissionsreduktionen aus Projektmaßnahmen in Entwicklungsländern durch Industrieländer ("Clean Development Mechanism", Artikel 12 des Kyoto-Protokolls). Durch die Linking-Directive wird die Emissionshandels-Richtlinie um Bestimmungen ergänzt, wonach die Mitgliedstaaten den Betreibern von emissionshandelspflichtigen Anlagen die Nutzung von Emissionsreduktionseinheiten bzw. Emissionsreduktionen aus besagten Projektmaßnahmen gestatten können, sofern diese bestimmten Anforderungen genügen. Die Integration der projektbezogenen Mechanismen in das Emissionshandelssystem soll dabei in der Form erfolgen, dass im Austausch gegen Emissionsreduktionseinheiten bzw. Emissionsreduktionen aus Projektmaßnahmen, die dem jeweiligen Betreiber aufgrund seines Engagements bezüglich dieser Maßnahmen zuzurechnen sind, zusätzliche Emissionszertifikate vergeben werden.

Die sich aus der Linking-Directive ergebenden Änderungen der Emissionhandels-Richtlinie haben die Mitgliedstaaten bis zum 13.11.2005 in nationales Recht umzusetzen. In Deutschland ist die Einbindung der projektbezogenen Mechanismen in das Emissionshandelssystem in § 13 Abs. 2 TEHG bereits angelegt. Allerdings belässt es diese Bestimmung bei einem bloßen Hinweis und behält die nähere Ausgestaltung gesonderten Regelungen vor, so dass auch der deutsche Gesetzgeber noch tätig werden muss.