In der Revisionsinstanz stützte sich der BFH auf die folgenden Erwägungen:

Ein Unternehmer kann die in Rechnungen gesondert ausgewiesene Umsatzsteuer für Lieferungen oder sonstige Leistungen, die von anderen Unternehmen für sein Unternehmen ausgeführt worden sind, als Vorsteuerbetrag abziehen (§ 15 UStG). Maßgeblich ist also, dass der GmbH-Geschäftsführer, der für die GmbH Leistungen (= die Geschäftsführung) erbringt, ein selbständiger Unternehmer ist (§ 2 UStG). Dies ist der Fall, wenn der GmbH-Geschäftsführer seine Tätigkeit auf eigene Rechnung und eigene Verantwortung ausübt. Die Tätigkeit ist dagegen nicht selbständig, wenn der Geschäftsführer einem Unternehmen so eingegliedert ist, dass er den Weisungen des Unternehmers zu folgen verpflichtet ist. Weisungsabhängig in diesem Sinne sind z.B. regelmäßig Arbeitnehmer.

Bei einem GmbH-Geschäftsführer ist nunmehr nach der Entscheidung des BFH wie folgt zu differenzieren:

Ein GmbH-Geschäftsführer ist gesellschaftsrechtlich gesehen ein Organ der GmbH; er vertritt die GmbH nach außen, weil die GmbH als juristische Person für sich selbst nicht handeln kann. Sie braucht immer ein Organ bzw. einen Vertreter. Als Organ unterliegt er den Weisungen der Gesellschafterversammlung. Von der Organstellung des Geschäftsführers zu unterscheiden ist sein Anstellungsvertrag. Normalerweise schließt ein Geschäftsführer einen Anstellungsvertrag mit der GmbH. In diesem Vertrag sind Vergütung, Kündigungsfrist, Arbeitszeiten usw. geregelt. Der Anstellungsvertrag ist im Grunde genommen der Arbeitsvertrag des Geschäftsführers.

Der BFH hat nunmehr entschieden, dass aufgrund der bloßen Weisungsgebundenheit des Geschäftsführers als Organ der GmbH eine selbständige Tätigkeit nicht verneint werden kann. Trotz der Weisungsgebundenheit gegenüber der Gesellschafterversammlung kann der Geschäftsführer im umsatzsteuerlichen Sinne selbständig sein.

Maßgeblich für die Beurteilung einer Selbständigkeit sind die Regelungen im Anstellungsvertrag. Es kommt auf den konkreten Einzelfall an. Allein eine vertragliche Regelung, wonach der Geschäftsführer gemäß seinem Anstellungsvertrag Zeit, Umfang und Ort der Tätigkeit nach eigenem Ermessen bestimmen kann, reicht für die Annahme der Selbständigkeit nicht aus. Umgekehrt kann die Selbständigkeit aber auch nicht deshalb ausgeschlossen werden, weil der Geschäftsführer seine Leistung bzw. Tätigkeit zu bestimmten Zeiten zu erbringen hat. Ist allerdings im Anstellungsvertrag geregelt, dass der Geschäftsführer Zeit, Umfang und Ort seiner Tätigkeit nach eigenem Ermessen bestimmen kann, und zwar ohne Bindung an Vorschriften der Gesellschaft, so spricht dies für die Selbständigkeit. Allein daraus, dass ein Geschäftsführer sozial- bzw. arbeitsrechtlich gesehen selbständig ist, d.h., der Sozialversicherungspflicht nicht unterliegt, kann nicht geschlossen werden, dass er umsatzsteuerlich selbständig ist. Die Befreiung von der Sozialversicherungspflicht ist aber immerhin ein Indiz dafür, dass der Geschäftsführer selbständig ist. Gegen die Beurteilung als selbständig spricht allerdings, wenn im Anstellungsvertrag geregelt sind: ein Urlaubsanspruch, der Anspruch auf sonstige Sozialleistungen oder die Fortzahlung der Bezüge im Krankheitsfall, insbesondere bei monatlichen festen Bezügen.

Legt man die Kriterien der neuen BFH-Rechtsprechung zugrunde, so dürften die meisten Geschäftsführer umsatzsteuerlich nicht selbständig sein. Denn in aller Regel werden in den Anstellungsverträgen Vereinbarungen zum Urlaubsanspruch, zu sonstigen Sozialleistungen und insbesondere zur Fortzahlung der Bezüge im Krankheitsfall getroffen. Dies sind im Übrigen auch typische Kriterien für einen normalen Arbeitnehmer, der wiederum grundsätzlich weisungsgebunden ist. Sollte aber nach den Regelungen des Anstellungsvertrages der Geschäftsführer selbständig sein, kann bzw. muss er der GmbH seine Tätigkeit zzgl. Umsatzsteuer in Rechnung stellen. Die GmbH kann dann die daraus resultierende Vorsteuer abziehen.

Die neue BFH-Entscheidung steht im Einklang mit einer Entscheidung aus dem Jahre 2003. Diese Entscheidung betraf die Umsatzsteuerpflicht der Geschäftsführung für eine Personengesellschaft, z.B. bei einer GmbH & Co. KG durch die Komplementär-GmbH. Der BFH folgt in seinen Entscheidungen zur Umsatzsteuerpflicht von Geschäftsführerleistungen letztendlich der Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofs, wenn er nicht mehr gesellschaftsrechtliche, sondern umsatzsteuerliche Überlegungen in den Vordergrund stellt. Da die Lage durch die neue Entscheidung steuerlich besser, nicht aber unbedingt einfacher geworden ist, empfiehlt es sich bei entsprechenden Gestaltungsüberlegungen in jedem Fall, fachkundige Beratung in Anspruch zu nehmen. Wie eine Sache umsatzsteuerlich aussieht, kann nur in jedem konkreten Einzelfall beurteilt werden, da sich generelle Aussagen nicht machen lassen.